La Secretaría de Desarrollo Agrario Territorial y Urbano coadyuva con el Programa Nacional Ferroviario a través del trabajo con las comunidades que serán impactadas por la construcción de 3 mil kilómetros de vías ferroviarias para los trenes de pasajeros, serán reubicadas. Las rutas por donde pasarán estos proyectos son:
- Tren AIFA – Pachuca
- Tren México – Querétaro
- Tren Manzanillo – Colima
- Tren México – Puebla – Veracruz
La reubicación se llevará a cabo con la colaboración de los gobiernos locales y federales, para que las personas movilizadas por estos proyectos tengan acceso a viviendas adecuadas y servicios básicos, además de asegurarles un proceso de transición adecuado.